Процедурата се състои от два компонента. Оформя се малък стомашен резервоар (приблизително 30 милилитра обем) чрез разделяне на горната част на стомаха от останалата част на стомаха. След това първата част на тънките черва се разделя и долният им край се повдига и свързва към новосъздадения стомашен остатък. Процедурата завършва чрез свързване на горната част на тънките черва към тънките черва по-надолу, така че стомашните киселини и храносмилателни ензими от байпаса в стомаха и първата част на тънките черва в крайна сметка се смесват с храната.

Стомашният байпас работи чрез няколко механизма. Първо, подобно на повечето бариатрични процедури, новосъздаденият резервоар е значително по-малък и улеснява значително приема на по-малко храна, което се изразява в консумация на по-малко калории. Най-важното е, че се пренасочва потокът на храната, настъпват промени в чревните хормони, които потискат глада, и се възпрепятстват основните механизми, чрез които затлъстяването предизвиква диабет тип 2.

Предимства
1.Предизвиква значителна дълготрайна загуба на тегло (загуба на 60-80% от надномерното тегло)
2.Ограничава количеството храна, което може да побере стомахът
3.Може да доведе до състояния, които повишават разхода на енергия
4.Предизвиква благоприятни промени в чревните хормони, които потискат глада и подобряват чувството за ситост
5.Обикновено се поддържа загубата на над 50% от наднорменото тегло

Недостатъци
1.Технически този вид операция е по-сложна от останалите, което повишава и риска от усложнения
2.Има вероятност от дългосрочен дефицит на витамини/минерали и по-точно: витамин B12, желязо, калций и фолиева киселина
3.По-дълъг болничен престой в сравнение с бандирането
4.Изисква придържане към препоръките за хранителен режим и прием на витамини/минерални добавки до края на живота